Funga es el término que utilizamos para referirnos a la riqueza de hongos presentes en un lugar. En el BNP Laguna Caiquenes, existe una amplia diversidad de especies de hongos, de las que destacan aquellas asociadas al bosque de Nothofagus betuloides que se desarrollan directamente sobre madera viva. Los líquenes también son considerados parte del reino Fungi, ya que son organismos de asociación simbiótica entre un hongo y un organismo fotosintético. 

En general, la funga de un lugar cumple un rol fundamental en la descomposición de materia orgánica que es clave en la mantención de los ciclos biogeoquímicos que sustentan la vida en nuestra biosfera; y es por esta razón que su estudio y conservación también son claves en el manejo que realizamos en esta área protegida.