Un invertebrado acuático es un animal ‘sin columna vertebral’ que habita en ambientes acuáticos, como arroyos, ríos, riachuelos y pozas. Los invertebrados acuáticos más frecuentes de avistar en el BNP Laguna Caiquenes son artrópodos y anélidos.

Los artrópodos son animales con patas articuladas y la mayoría de las especies que habitan en ambientes acuáticos, son insectos de los órdenes Ephemeroptera, Diptera, Lepidoptera, Odonata y Trichoptera.  

Los anélidos son gusanos redondos con anillos y las especies más frecuentes de observar en arroyos bajo piedras son sanguijuelas.