La vegetación de Laguna Caiquenes es representativa de las ambientes siempreverdes, hiper- húmedos y fríos que abundan en la porción suroeste de la Región de Aysén. La mayor parte del área se encuentra cubierta por bosques de coigües, con canelos y mañíos, matorrales arborescentes con presencia de ciprés de las Guaitecas, praderas húmedas y turberas, mayoritariamente acojinadas de Donatia fascicularis y Astelia pumila. En estas últimas resaltan las plantas carnívoras como Drosera uniflora y Pinguicula antarctica, además del ciprés enano. A mayor elevación, sobre los 800 msnm aproximadamente, los bosques de coigües desaparecen y dominan los bosques achaparrados de ñirre, los que forman una franja de 100 a 200 metros de ancho y que marcan el límite superior de la vegetación boscosa. Por sobre los ñirres, la vegetación se torna escasa, pero existen matorrales de brecillo y una interesante flora, en su mayoría pequeños cojines o hierbas diminutas, propia de los ambientes de altura. En total, se han registrado en esta área protegida, alrededor de 150 especies de plantas vasculares.