Como resultado en general, se ha apreciado que los carnívoros son de baja abundancia, hábitos ocultos, sensibles a alteraciones del hábitat y presencia humana.
Sin embargo, hay métodos directos e indirectos que usados combinadamente han permitido verificar la presencia especies características de esta región como el zorro culpeo (Pseudalopex culpaeus), güiña (Leopardus guigna) y puma (Puma concolor) mediante el uso de cámaras trampa y también por medio de encuentro de huellas y fecas en los recorridos realizadas para el muestreo de huemules. La presencia de esta especie fue verificada en ambiente de bosque en las cercanías de Laguna Caiquenes.
Para el caso de los huemules, los muestreos han probado que la especie utiliza los ambientes de bosque y matorral. Alrededor de lagunas Caiquenes y Los Patos, se destaca el uso intensivo (fecas frescas, echaderos y presencia de senderos) de huemules en el bosque ubicado entre ambas lagunas con valores altos del índice de abundancia relativa junto al sector de río camino. También el área de matorral abierto al sur de Laguna Los Patos presenta uso de transito y alimentación. Por otra parte, es frecuente avistar y encontrar rastros de huemules en la ruta caminera en toda su extensión.
En estos estudios se han recolectado muestras fecales frescas o recientes de huemules para estudios copro-parasitarios y 5 muestras para futuros estudios genéticos. El total de estas muestras fueron entregadas a las instituciones que lideran el convenio CONAF – CODEFF – Universidad de Concepción para sus investigaciones. Información preliminar entregada por CONAF, indica resultado positivo en algunas muestras con huevos tipo estróngilos, lo cual pudiera deberse a que la zona es usada como paso para traslados de ganado mediante arreo.